Cái chết của False Dmitry không ngăn được Rắc rối. Cuộc nội chiến vẫn tiếp diễn, bao trùm lên những vùng đất mới, những kẻ mạo danh mới xuất hiện. Trong tháng đầu tiên trị vì, Vasily Shuisky đã phải ngăn chặn một số nỗ lực biểu diễn của các tầng lớp thấp hơn ở thành thị Moscow. Tại Moscow, họ lo sợ rằng vua Ba Lan Sigismund sẽ bắt đầu một cuộc chiến nhằm lật đổ kẻ mạo danh và đánh đập người Ba Lan. Do đó, trong số vài nghìn khách Ba Lan và lính đánh thuê của False Dmitry sống sót sau cuộc nổi dậy hồi tháng 5 ở Moscow, chỉ có thường dân được thả, còn những người quý tộc bị bỏ lại làm con tin, được bảo dưỡng chu đáo và được phân phối dưới sự giám sát ở các thành phố khác nhau. Shuisky đã vi phạm nghi thức ngoại giao và thậm chí còn giam giữ đại sứ quán Ba Lan của Gonsevsky ở Moscow.
Tuy nhiên, những nỗi sợ hãi này đều vô ích. Bản thân Ba Lan đã gặp khó khăn. Người Ba Lan bắt đầu chiến tranh với Thụy Điển và chiếm lại thành phố Pernov (Pärnu) từ tay cô ở Livonia. Ngoài ra, Zaporozhye Cossacks, dẫn đầu bởi Hetman Sagaidachny, đã thực hiện một số cuộc đột kích thành công và cướp bóc Kafa và Varna. Điều này khiến người Ottoman tức giận và họ tuyên chiến với Khối thịnh vượng chung. Đúng như vậy, các lực lượng chính của quân đội Thổ Nhĩ Kỳ đã liên kết với cuộc chiến với Ba Tư và các đội quân phụ trợ đã được gửi đến chống lại Ba Lan, và người Ba Lan đã đẩy lùi cuộc tấn công. Tại chính Ba Lan, một số ông trùm không hài lòng với chính sách của nhà vua đã lên tiếng phản đối. Đất nước chìm trong nội chiến. Do đó, người Ba Lan không có thời gian cho Moscow.
Vì vậy, Moscow đã bỏ qua một mối đe dọa nghiêm trọng hơn - một mối đe dọa nội bộ. Rốt cuộc, các vấn đề gây ra Rắc rối vẫn chưa được giải quyết. Và mối đe dọa bên ngoài đóng một vai trò quan trọng, nhưng không phải là chính. Tỉnh đã bị xúc phạm: Boyar Duma bầu ra sa hoàng mà không có sự hỗ trợ cần thiết của tất cả các vùng đất. Hóa ra là các boyars đã giết chết "sa hoàng tốt" và nắm quyền, giao lại ngai vàng cho "sa hoàng boyar". Tỉnh đã sôi sục: từ khóa tìm kiếm những kẻ đào tẩu được tăng lên 15 năm; những người phục vụ nhớ đến những giải thưởng hào phóng của False Dmitry; cư dân phía nam lo sợ sự trả thù và khủng bố (như dưới thời Godunov) vì đã giúp kẻ mạo danh; lo lắng về Cossacks, người đã tích cực ủng hộ kẻ nói dối; Shuisky loại bỏ những người ủng hộ False Dmitry, đuổi họ khỏi thủ đô, nhiều người được gửi đến vùng biên giới phía nam.
Vào mùa hè năm 1606, các cuộc nổi dậy tự phát đã nhấn chìm toàn bộ miền nam của đất nước, nơi đã bị kích động bởi những tin đồn về "sự cứu rỗi của Sa hoàng tốt bụng Dmitry." Trung tâm của cuộc đấu tranh chống lại vị vua mới ở đất phương Bắc là "thủ phủ" của kẻ mạo danh đầu tiên - Putivl. Tại đây, những người dân thị trấn nổi dậy, những người nông dân, đã chọn Ivan Bolotnikov, người đã đến với họ cùng với một biệt đội, làm "chỉ huy vĩ đại". Ivan Bolotnikov, theo phiên bản phổ biến nhất, là một nông nô của Hoàng tử Telyatevsky. Thời trẻ, anh trốn chủ từ thảo nguyên đến Cossacks, tại đây anh bị người Tatars bắt và bị bán làm nô lệ cho người Thổ Nhĩ Kỳ. Anh ta đã trải qua vài năm nô lệ, trong các phòng trưng bày với tư cách là một tay chèo. Sau một trận hải chiến không thành công với những con tàu của người Cơ đốc cho người Thổ Nhĩ Kỳ, ông được trả tự do và đi đến Venice, nơi ông sống trong một khu buôn bán của Đức. Từ đây, khi được nghe những câu chuyện về sự khởi đầu của những rắc rối ở nhà nước Nga, Bolotnikov đã chuyển qua Đức và Ba Lan để đến Nga. Tin đồn về "sự cứu rỗi kỳ diệu" của Sa hoàng Moscow Dmitry đã kéo Ivan đến Sambor, nơi kẻ đào tẩu ở Moscow Mikhail Molchanov, một cựu đồng minh của False Dmitry I. Molchanov, đang ẩn náu cùng vợ Yuri Mnishek Yadviga, và trình diện mình là một vị vua. Nhà thám hiểm này tự giới thiệu mình với Bolotnikov như một sa hoàng đã trốn thoát sau cuộc đảo chính hồi tháng 5 ở Moscow. Kẻ giả mạo mới đã nói chuyện với Bolotnikov trong một thời gian dài, sau đó cung cấp cho anh ta một bức thư cho Hoàng tử Grigory Shakhovsky và gửi anh ta đến Putivl với tư cách là sứ giả riêng và là "người quay phim lớn".
Trên thực tế, cuộc nội chiến đã bước vào giai đoạn tích cực. Quân đội của Bolotnikov bao gồm các điền trang và các nhóm xã hội chính của nhà nước Nga: nông dân và nô lệ, Seversk, Terek, Volga và Zaporozhye Cossacks, đại diện của giới quý tộc. Ngoài ra, cuộc nổi dậy được sự ủng hộ của các đại diện của tầng lớp quý tộc, trong số đó có Hoàng tử Grigory Shakhovsky và người voivode Chernigov Andrei Telyatevsky, chủ sở hữu cũ của Bolotnikov.
Vào mùa hè năm 1606, 30 thous. Quân đội của Bolotnikov chuyển đến Moscow. Các pháo đài Kromy và Yones đã bị chiếm, kho vũ khí phong phú trong đó bổ sung cho lực lượng dự trữ của quân nổi dậy. Quân đội chính phủ dưới sự chỉ huy của các thống đốc của các hoàng tử Vorotynsky và Trubetskoy đã bị đánh bại tại Kromy và Yelet. Nhiều binh sĩ từ quân đội Nga hoàng đã đi đến phe của quân nổi dậy. Lợi dụng những sai lầm của các thống đốc Nga hoàng, quân nổi dậy nhanh chóng tiến về phía Moscow. Ngày càng có nhiều phân đội nông dân nổi dậy tràn vào quân đội Bolotnikov. Hơn nữa, trên đường tới Matxcova, nhiều toán quân quý tộc đã tham gia cùng Bolotnikov, người chống lại sa hoàng Shuisky. Thống đốc cấp cao của Ryazan là Prokopy Lyapunov và người trẻ hơn - Grigory Sumbulov, chỉ huy lực lượng dân quân Ryazan, trung đội trưởng Istoma Pashkov - một đội lớn gồm những người phục vụ. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir và Astrakhan nổi dậy. Trên sông Volga, người Mordovians và Mari (Cheremis) nổi dậy, họ vây hãm Nizhny Novgorod.
Quân nổi dậy trên đường tới Moscow đã tiếp cận Kolomna. Vào tháng 10 năm 1606, Posad Kolomna bị tấn công, nhưng Điện Kremlin vẫn tiếp tục kháng cự. Để lại một phần nhỏ lực lượng của mình ở Kolomna, Bolotnikov tiến theo con đường Kolomna đến Moscow. Tại làng Troitskoye, quận Kolomensky, ông đã đánh bại quân chính phủ. Vào ngày 22 tháng 10, quân đội của Bolotnikov đã đóng tại làng Kolomenskoye gần Moscow. Tại đây, ông đã xây dựng một nhà tù (pháo đài), và bắt đầu gửi thư đến Moscow và các thành phố khác nhau, kêu gọi ủng hộ chủ quyền hợp pháp Dmitry Ivanovich và khơi dậy những người thiệt thòi và người nghèo chống lại người giàu. “Tất cả các ngươi, hỡi những nô lệ trai tráng, hãy đánh đập các chàng trai của mình, bắt lấy vợ và tất cả tài sản, điền trang và điền trang của họ! Bạn sẽ là những người cao quý, và bạn, những người được gọi là gián điệp và vô danh, giết những người khách và thương nhân, chia rẽ mối quan hệ giữa họ với bạn! Bạn là người cuối cùng - bây giờ bạn sẽ nhận được boyars, de quanh co, voivodeship! Hôn tất cả các cây thánh giá cho chủ quyền hợp pháp Dmitry Ivanovich! Vì vậy, con đường của quân đội Bolotnikov đi kèm với những trận chiến khủng khiếp, mọi người đáp trả bằng nỗi khiếp sợ trước sự khủng bố, chiến đấu như thể có người lạ xung quanh (quân đội Nga hoàng ở những vùng lãnh thổ chìm trong các cuộc nổi dậy cũng hành động theo cách tương tự).
Lực lượng dân quân của Bolotnikov tiếp tục phát triển, các biệt đội tách biệt, chủ yếu là từ nô lệ, những người, với các cuộc đột kích và cướp bóc, giữ thủ đô trong tình trạng bị bao vây, đứng ra chống lại nó. Vào tháng 11, Cossacks of Ileika Muromets gia nhập Bolotnikov. Ông ta là một kẻ mạo danh khác, đóng giả Tsarevich Peter Fyodorovich, người trên thực tế không bao giờ tồn tại con trai của Sa hoàng Fyodor I Ivanovich. Những người theo đạo Hồi đã sẵn sàng phục tùng Bolotnikov, chỉ yêu cầu cho họ xem Tsarevich Dmitry, và thậm chí còn bắt đầu đàm phán với anh ta. Bolotnikov vui mừng cử sứ giả đến Putivl. Giống như, hãy để “sa hoàng” đến sớm hơn, chiến thắng đã gần kề. Nhưng Dmitry không bao giờ xuất hiện. Nhiều người bắt đầu bày tỏ sự nghi ngờ về sự tồn tại của Dmitry và đi về phía Shuisky.
Trong khi đó, Shuisky cũng không ngồi yên mà tích cực chuẩn bị phản công. Các vùng ngoại ô và các khu định cư của Mátxcơva đã được củng cố. Quân của các thống đốc Skopin-Shuisky, Golitsyn và Tatev đóng quân tại cổng Serpukhov, từ đó họ theo dõi doanh trại của kẻ thù. Liên lạc được thiết lập giữa Moscow và các thành phố xung quanh, quân đội canh gác các con đường. Vào tháng 11, quân tiếp viện đến từ Tver và Smolensk, phần lớn gồm các quý tộc và thị dân. Cùng lúc đó, Shuisky đang tích cực mặc cả với bộ phận quý tộc của trại nổi loạn. Lyapunovs và Pashkov ghét Shuisky, nhưng họ sợ một cuộc bạo động của "kẻ bạo loạn".
Quân đội của Bolotnikov đã tăng lên 100 nghìn người (quân của ông hoạt động trên một vùng lãnh thổ rộng lớn), nhưng phẩm chất chiến đấu của ông đã giảm. Trong số những người nổi dậy, có nhiều nô lệ, lang thang, nông dân không có kinh nghiệm chiến đấu, được trang bị và tổ chức kém. Cossacks và quý tộc - hai nòng cốt chiến đấu của quân đội, họ bị coi thường. Tuy nhiên, họ cũng phản đối nhau. Kết quả là, một sự chia rẽ đã xảy ra trong quân đội của Bolotnikov: một trại gồm các quý tộc và trẻ em trai, trại kia - nô lệ, Cossacks và những người khác. Sau này có Ivan Bolotnikov làm lãnh đạo của họ, người trước - Istoma Pashkov và anh em Lyapunov. Bất đồng nảy sinh giữa các nhà lãnh đạo, kết quả là, đầu tiên là Lyapunovs, và sau đó là Istoma Pashkov, đứng về phía Shuisky. Trong khi đó, Shuisky đã củng cố kỹ lưỡng Moscow, thành lập một đội quân mới từ dân quân của các thành phố khác. Ngoài ra, Shuisky còn thu hút nhiều quý tộc từ trại Bolotnikov, hứa hẹn cho họ một phần thưởng và cấp bậc.
Thấy tình hình ngày càng trở nên tồi tệ và lực lượng của Shuisky ngày càng đông, Bolotnikov quyết định tấn công. Vào ngày 26 tháng 11, ông cố gắng chiếm lấy tu viện Simonov, nhưng bị đánh bại bởi quân đội Nga hoàng dưới sự chỉ huy của một chỉ huy trẻ và tài năng, cháu trai của Sa hoàng Mikhail Skopin-Shuisky. Vào thời khắc quyết định của trận chiến, một đội lớn quý tộc của Pashkov đã rời khỏi doanh trại của quân nổi dậy, điều này quyết định kết quả của trận chiến nghiêng về phía quân đội Nga hoàng. Quân của Bolotnikov cố thủ trong trại Kolomna. Skopin-Shuisky bao vây quân Bolotnikovite và bắt đầu pháo kích. Sa hoàng Vasily đã cố gắng tự mình đi đến một thỏa thuận với Bolotnikov, hứa hẹn một cấp bậc cao, nhưng thủ lĩnh của quân nổi dậy từ chối tiến tới hòa bình. Sau ba ngày nã pháo, đội quân nhu nhược của Bolotnikov không thể chịu nổi và bỏ chạy. Một phần của quân Cossack đã chiếm giữ làng Zaborie, nơi mà vào ngày 2 tháng 12, quân nổi dậy lại bị đánh bại. Ataman Bezzubtsev's Cossacks đi đến bên cạnh Skopin-Shuisky. Sa hoàng Vasily đã tha thứ cho họ. Phần còn lại của các tù nhân bị bắt trong trận chiến hoặc trong chuyến bay bị treo cổ hoặc dùng gậy đánh choáng váng, chết đuối. Bolotnikov chạy đến Serpukhov, và sau đó Kaluga, Ileika Muromets đến Tula.
Do đó, quân nổi dậy không bao giờ có thể chiếm được thủ đô. Trong trận chiến quyết định, người Bolotnikovite đã bị đánh bại bởi các voivod của Nga hoàng, điều này được tạo điều kiện cho sự phản bội của các biệt đội quý tộc đứng về phía Sa hoàng Vasily Shuisky.
Ở Kaluga, Bolotnikov tập hợp khoảng 10 nghìn người. Nó đã bị bao vây bởi quân đội Nga hoàng. Tuy nhiên, người chỉ huy chính lại là người anh em bất tài của sa hoàng Ivan Shuisky. Kết quả là, cuộc bao vây Kaluga kéo dài từ tháng 12 năm 1606 đến tháng 5 năm 1607. Quân nổi dậy đã tự vệ một cách khéo léo và liều lĩnh, đẩy lui các cuộc tấn công, xuất kích táo bạo, gây thiệt hại lớn cho quân Nga hoàng. Các thống đốc Nga hoàng quyết định đốt phá pháo đài bằng gỗ và huy động những người nông dân xung quanh bắt đầu cung cấp củi để họ lót các bức tường. Tuy nhiên, quân nổi dậy đã đoán được kế hoạch này và nổ ra cuộc "càn quét", giết chết và giết hại một số lượng lớn các chiến binh Nga hoàng. Tại thời điểm này, các phiến quân khác cố gắng mở khóa Kaluga, nhưng đã bị đánh bại. Vì vậy, biệt đội của Mezetsky, được Shakhovsky cử từ Putivl để giải cứu Bolotnikov, đã bị quân đội của Ivan Romanov đánh bại trên sông. Vyrke.
Sau đó, quân của Telyatevsky và Pseudo-Peter cố gắng đột phá đến Bolotnikov. Vào ngày 1 tháng 5 năm 1607, người Cossacks Don và Ukraine đã đánh bại quân đội Nga hoàng trên sông Pchelna. Lợi dụng sự bối rối giữa các đội quân bị bao vây, Bolotnikov xuất kích và đánh bại các thống đốc Nga hoàng, những người rút lui, bỏ lại pháo binh và đoàn tàu hành lý. Một phần quân của Nga hoàng đã đi đến phe của quân nổi dậy. Chỉ có trung đoàn của Skopin-Shuisky rút lui trong trật tự hoàn hảo. Sau đó Bolotnikov chuyển đến Tula, nơi có một pháo đài đá mạnh hơn, và thống nhất với các biệt đội nổi dậy khác.
Sau đó, Bolotnikov bắt đầu chiến dịch thứ 2 chống lại Moscow. Tuy nhiên, Sa hoàng Vasily không ngồi yên. Việc huy động những người "cống nạp" ("cống nạp" - những chiến binh được gọi lên từ thị trấn và cộng đồng nông dân) trên khắp đất nước đã được công bố, và đích thân dẫn đầu một đội quân lớn đang được thành lập ở Serpukhov. Các trung tâm của cuộc nổi dậy dần dần bị nghiền nát. Những kẻ bạo loạn đã bị đánh lui khỏi Nizhny Novgorod. A. Golitsyn đánh bại Telyatevsky gần Kashira. Sự xuất hiện của một số Peter vô danh thay vì "sa hoàng tốt" được mong đợi Dmitry, người đã gây ra nỗi kinh hoàng chống lại đối thủ, làm nguội nhiều người, các thành phố nổi loạn bình tĩnh lại, mang theo lời thú nhận. Vào tháng 5, quân đội Nga hoàng tiến về phía quân nổi dậy. Sa hoàng tự mình tham gia chiến dịch, và các trung đoàn riêng lẻ do Mikhail Skopin-Shuisky, Pyotr Urusov, Ivan Shuisky, Mikhail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov và Fyodor Bulgakov chỉ huy.
Quân Bolotnikov đã cố gắng vượt qua các lực lượng chính của quân đội Nga hoàng và tiến đến Moscow, nhưng khi vượt qua Kashira, quân nổi dậy đã gặp phải sườn của quân đội Nga hoàng tại sông Vosma. Vào ngày 5-7 tháng 6 năm 1607, một trận chiến đã diễn ra. Bolotnikovites có lợi thế hơn về sức mạnh - 30-38 nghìn binh sĩ. Tuy nhiên, thống đốc Tula đã phản bội Bolotnikov và với 4 nghìn người. biệt đội đi qua phía quân đội Nga hoàng. Và các phân đội Ryazan của Lyapunov đã tiến vào hậu cứ của quân đội Bolotnikov. Điều này khiến người Bolotnikovite hoảng sợ và họ rút lui. Một phần quân của Bolotnikov bị cắt cử và bị bắt, các tù binh bị xử tử. Sau trận Vosemsk, quân đội của Bolotnikov bị đánh lui về Tula.
Sa hoàng Vasily Shuisky cử một số trung đoàn do Mikhail Skopin-Shuisky đứng đầu tới Bolotnikov. Ở ngoại ô Tula, Bolotnikov quyết chiến trên sông Voronya, quân nổi dậy khép mình bằng các mũi thuyền và trong một thời gian dài đã đẩy lùi được cuộc tấn công dữ dội của kỵ binh sa hoàng. Cả hai bên đều bị thương vong nặng nề. Tuy nhiên, các cung thủ đã di chuyển vòng vèo, những người Bolotnikovite dao động và bỏ chạy, nhiều người đã bị giết trong cuộc rượt đuổi. Bolotnikov đã mất một nửa quân số của mình trong các trận chiến này - khoảng 20 nghìn người. Với phần còn lại, anh ta tự nhốt mình trong Tula. Vì vậy, Bolotnikov đã phải chịu một thất bại quyết định và mất thế chủ động chiến lược.
Ngày 30 tháng 6, đích thân Sa hoàng Vasily cùng đội quân chủ lực tiếp cận Tula. Người đương thời cho biết quân đội Nga hoàng lên tới 100-150 nghìn người. Bolotnikov và "Tsarevich Peter" chỉ còn lại không quá 20 nghìn người. Các vũ khí bao vây bắt đầu pháo kích thành phố từ cả hai bờ. Tuy nhiên, Tula có các công sự vững chắc, và Bolotnikov là nòng cốt hiệu quả nhất của quân nổi dậy. Do đó, cuộc bao vây kéo dài cho đến tháng 10 năm 1607. Trong giai đoạn đầu của cuộc bao vây, những người bảo vệ thành phố đã xuất kích và bảo vệ dũng cảm. Tất cả các nỗ lực của các thống đốc Nga hoàng nhằm chiếm thành phố bằng cơn bão đều không thành công.
Sau đó, quân đội Nga hoàng, theo ý tưởng của con trai Murom của thiếu niên Ivan Krovkov, đã quyết định chặn sông Upu bên dưới thành phố bằng một con đập để Tula sẽ bị ngập lụt. Ở bên phải, bờ đầm lầy, một con đập lớn khoảng nửa dặm đã được dựng lên, được cho là ngăn dòng sông tràn vào vùng trũng trong trận lũ mùa thu, nhưng lại khiến mực nước dâng cao. Thật vậy, trận lụt mùa thu đã hoàn toàn cắt đứt thành phố với thế giới bên ngoài, biến nó thành một hòn đảo đầm lầy ở giữa một vùng đồng bằng bị ngập hoàn toàn. Nhiều đạn dược bị hư hại, cũng như các nguồn cung cấp ngũ cốc và muối được cất giữ trong các hầm. Chẳng bao lâu, nạn đói khủng khiếp và dịch bệnh bắt đầu ở Tula, làm trầm trọng thêm mâu thuẫn nội bộ giữa những người nổi dậy. Phiến quân cố gắng cho nổ con đập, nhưng Kravkov cũng cảnh báo Shuisky, và nỗ lực này đã thất bại.
Bolotnikov đã nhiều lần cử sứ giả tới Mikhail Molchanov và Grigory Shakhovsky trong cuộc bao vây, nhưng không thành công. Và Sa hoàng Vasily phải đối mặt với một mối đe dọa mới. Một kẻ giả mạo mới xuất hiện - False Dmitry II, kẻ đã chiếm được đất Severshchina, Bryansk và Verkhovskaya. Bolotnikov đã được đề nghị đàm phán về các điều khoản đầu hàng của thành phố. Shuisky hứa sẽ bảo toàn tự do cho những người lãnh đạo và những người tham gia cuộc nổi dậy. Thỏa thuận đạt được đã được niêm phong bằng một lời thề long trọng, và vào ngày 10 tháng 10 năm 1607, Tula mở cửa cho quân đội của sa hoàng.
Sa hoàng Vasily đã lừa dối những người lãnh đạo cuộc khởi nghĩa. Shuisky vội vàng tuyên bố rằng sự tha thứ chỉ áp dụng cho những "tù nhân Tula" bình thường, và không áp dụng cho những người lãnh đạo cuộc nổi dậy. Những người Tulyaks thực sự được ân xá, những quý tộc nổi loạn đã xuống tay với những kẻ lưu vong. Shakhovsky đã được làm một nhà sư. "Tsarevich Peter" bị treo cổ. Bolotnikov được gửi đến Kargopol và bị chết đuối một cách bí mật. Nhiều phiến quân bình thường đã được gửi đến các thành phố, và những người cuối cùng ở Moscow, không ồn ào và khói bụi, đã bị bóp cổ.
Do đó, chính quyền Mátxcơva đã dập tắt chiến tranh nông dân, thực tế huy động mọi lực lượng dự trữ và đáp trả bằng khủng bố với khủng bố. Tuy nhiên, Shuisky, sau khi giải tán hầu hết quân đội và nghĩ rằng tình trạng hỗn loạn sắp kết thúc, đã tính toán sai. Mọi thứ chỉ mới bắt đầu. Một False Dmitry thứ hai xuất hiện, nơi những người còn sót lại của Bolotnikovite gia nhập. Ba Lan hoạt động trở lại.
